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Uno de los puntos de mayor controversia era si las Fuerzas Armadas y las Fuerzas de Orden y Seguridad Pública debían estar incluidas en el nuevo sistema. Mientras que la Cámara había propuesto excluirlas, el Senado insistió en mantener el criterio original del Ejecutivo, integrándolas dentro de las entidades sujetas a fiscalización por parte del SAIG. Finalmente, el informe validó la postura senatorial y estableció que los uniformados quedarán dentro del ámbito de aplicación de la nueva normativa.
En contraste, seguirán fuera del alcance del nuevo servicio la Contraloría General de la República, el Banco Central, el Consejo para la Transparencia, los gobiernos regionales, las municipalidades, las empresas públicas creadas por ley y las universidades estatales. Sin embargo, todas estas instituciones podrán solicitar asesoría del SAIG mediante convenios específicos.
Otra modificación relevante introducida en el texto es el cambio de dependencia institucional del nuevo servicio. Inicialmente, se planteaba que el SAIG dependiera del Ministerio Secretaría General de la Presidencia (Segpres), pero la comisión mixta resolvió que será el Ministerio del Interior el encargado de supervisar la entidad y emitir los decretos supremos que definirán la Política de Auditoría General de Gobierno.
Dicha política constituirá una herramienta estratégica para orientar a los órganos de la administración del Estado en materias de auditoría interna, gobernanza, control interno y gestión de riesgos. Su aplicación será obligatoria para las entidades sujetas al SAIG y tendrá una vigencia de cinco años, renovable mediante actualización normativa.
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